年1月12日-16日，第27届动植物基因组大会在美国圣迭戈火热举行。华大基因作为基因组学领域的领跑者，于当地时间1月14日16:00-18:00开展了一场以“ExamplesofNGS-EnabledPlantResearch:RecentAdvancesandtheValueofBigDatatoUnderstandingBiodiversity”为主题的研讨会，现场嘉宾及与会者进行了热烈讨论。没能赶赴现场的小伙伴们请注意，以下是干货满满的workshop精华！
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NGSApplicationsinTranslationalResearchtoCannabisandAfricanParasiticWeeds
来自多伦多大学的ShelleyLumba教授结合独脚金的案例，分享了NGS技术在基因功能挖掘和分子育种方面的应用。
寄生杂草独脚金（Strigahermonthica）可以对撒哈拉以南非洲作物的产量造成毁灭性打击。独脚金有专性半寄生和异交性质，这使得应用传统遗传学技术研究基因功能变得比较困难。Lumba教授的研究小组使用全基因组测序（WGS）和转录组测序（RNA-seq）相结合的技术路线，研究独脚金种子萌发时的信号传导途径。Lumba团队现已确定了与独脚金种子萌发相关的关键基因，这些基因有望成为消灭独脚金的靶基因。此外，Lumba教授还带来了一项研究进展报告，主题是“NGS技术加速鉴定商业大麻各品种间的遗传差异”。未来，他们还将结合表型数据，开发可以预测大麻表型的工具。
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ShapingthepopulationandgenomicarchitectureofAsiancultivatedrice(OryzasativaL.)throughdomesticationandmodernbreeding
中国农科院作物科学研究所黎志康博士带来第二个主题分享。
黎博士主持参与过“全球水稻分子育种计划”，并承担了多个、和农业部项目。在此次报告中，他再次解读了年发表在《Nature》上的关于株水稻进化起源并为水稻正名的研究。现代水稻的野生祖先（OryzasativaL.）形成了三种分支：籼（japonica）、粳（indica）以及中间型（intermediate）。水稻的驯化起源分为三种假说：A.籼和粳两种亚群体被独立驯化；B.籼先被驯化其后演变为粳；C.粳先被驯化其后演变为籼。从株水稻的重测序群体分析结果中发现，在驯化和繁殖期间，籼和粳的高产相关选择压力倾向作用于相同代谢通路上的不同基因座、相同基因座上不同功能的等位基因，或相同基因家族的不同成员。这些结果揭示，现代水稻更可能是在不同时、不同地独立驯化而来的，否定了后两种假说。
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解读
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ThepromiseofBigDatainPlantPhylogenomicsforAgricultureandmedicinalplantresearch
中国农业科学研究院的程时锋博士，带来本次workshop的最后一个报告。
应用大数据来解答植物高重复基因与微生物共生关系，这是程时锋博士在分享中引用的案例，由此展示了大数据在植物系统基因组学研究中的力量。他们发现陆生植物基因组中普遍存在大量PPR（pentatricopeptiderepeat）基因。通过大量植物基因组数据他们了解到PPR基因最早出现在万年前，且该基因不是仅存在于陆生植物而是存在于几乎所有植物基因组中。结合历史原因，他们大胆猜测，PPR基因的累积可能是由第三纪大灭绝时期的气候骤变引起的。此外，程博士还带来了豆类与根瘤菌之间共生关系的研究分享。他们通过测序发现了两个基因NIN和NPG与结瘤相关。从演化分析结果可以看出，结瘤植物和非结瘤植物的分歧发生在1亿年前。为什么植物不再结瘤或与根瘤菌共生？有三种假说：1.根瘤菌共生需要消耗大量能量，为减少代谢负担而演化失去根瘤；2.为防止与不固氮的“骗子菌”共生而演化失去这一功能；3.环境因素的改变，如氧气程度降低等。
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以上就是年第27届动植物基因组大会华大基因workshop的精彩回馈。为感谢您对此次会议的
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