#哈利波特#上集讲到，哈利、赫敏、罗恩和马尔福接受惩罚，到禁林帮助海格做任务。而哈利和马尔福却偶遇了一个穿着黑色袍子的人正在吮吸独角兽的血，被哈利发现后，他慢慢向哈利靠近……接下来故事会走向何方呢？
哈利额头上的伤疤隐隐作痛，“神秘人”逐渐向他靠近，哈利缓缓后退，却被巨大的树枝绊倒。千钧一发之际，一种叫作“马人”的神奇动物撵走了"神秘人”。这个马人劝说哈利离开，并解释原因说，独角兽的血能够延续寿命，但饮用者会遭到诅咒，变成“半死不活”的存在，刚才吮吸独角兽血的那个人是“伏地魔”。哈利看着地上死去的独角兽，这时海格他们来了，马人也离开了，众人暂行告退。
随后，哈利三人开始研究整件事情的来龙去脉。他们认为，魔法石可以炼制长生不老药，而偷魔法石的是人是斯内普教授。他偷魔法石不是为了自己，而是为了复活伏地魔。伏地魔的再次出现，势必会对哈利产生威胁，但众人也明白，只要邓布利多还在学校，没人能把他们怎样。
下课后，哈利联想到，海格最喜欢的就是养龙，而偏偏这时候他得到一颗来自陌生人的龙蛋，他们迅速找到海格询问了详细情况。在谈话中得知，海格把安抚三头犬宝宝的方法告知了那个陌生人。接着，他们又来到麦格教授这里，得知邓布利多教授这时刚好不在。而出了教室，恰好斯内普教授在身后对他们说些“阴阳怪气”的话，更加证实了他们的猜测。
至此，伙伴三人开始展开独自保护魔法石的征程。在出寝室时，纳威告诫他们不能出去，却被赫敏使用咒语石化了。他们穿着隐身衣又来到三头犬这边，发现三头犬正在被竖琴音乐安抚催眠中，三人顺利进人活板门。下去后，进入第一关，他们被下面的”魔鬼之网“缠绕，在赫敏的建议下，赫敏和哈利相继通过放松自己令藤蔓释放自己，而罗恩靠赫敏的”明亮如昼“咒语接触危机。
第二关，他们需要在成千上万把“飞舞的钥匙”中找到一把可以打开下个入口的“钥匙”。而在他们面前有一把飞天扫帚，他们需要骑着它找到那个古色古香的钥匙。哈利刚要起飞，大批”钥匙鸟“向哈利袭来，在哈利艰难地抓到那把钥匙后，将其扔给赫敏，赫敏开了门，众人进入下一关。
第三关，他们需要进行一场巨型巫师象棋的比赛。人来当作棋子去补足象棋的空缺位置，进行下棋游戏，直至一方获胜。可是，跟普通的巫师象棋一样，输掉的棋子会被摧毁，非常残忍。在罗恩的指挥下，赫敏充当了皇后旁边的车，罗恩坐在马上充当骑士（类似“马”），而哈利却充当了对面棋盘的“主教（类似“相”）。棋局开始了，罗恩试了一下，果真被吃掉的棋子会被击碎。就这样，罗恩下了很长一段时间。最终，他意识到，必须牺牲自己让哈利方胜出，才能了结此局。在罗恩的强烈要求下，骑士被打倒，罗恩摔倒在地，哈利完成最后的“将”棋，棋局结束。哈利让赫敏留下照顾受伤的罗恩，并给邓布利多寄信，而哈利继续向前进。
哈利小心翼翼地来到尽头的空房间，在中间放着那面“厄多斯魔镜”，镜子面前站着一个人，这个人不是斯内普，竟是奇洛。奇洛把一切告知了哈利，在魁地奇比赛上是他给哈利的扫帚施的咒，而斯内普只是想救哈利，在万圣节也是他把巨怪放出来的，斯内普想阻止他找魔法石才受的伤。朝向魔镜，奇洛看到自己得到了魔法石，却不知道怎么获得，突然出现另一个人说道“利用那个男孩”。奇洛遵循命令让哈利到魔镜前，哈利也在魔镜前看到自己拿着魔法石，并放进裤子的口袋中。这时，哈利在口袋外摸索，居然真的有什么东西在他口袋里。
奇洛逼问哈利他看到的场景，哈利撒了谎。那个声音又说道“他在说谎”，并向奇洛要求亲自跟哈利交谈。这时，奇洛摘掉了帽子，在他的脸后面居然有另一张脸，那是“伏地魔”。他说独角兽的血给了他一些法力，但不能给他躯体，而魔法石可以做到这点，令他完全复活。哈利见状就跑，却被奇洛的魔法火焰包围在这里，无处躲藏。
伏地魔以复活哈利的父母为条件诱惑哈利，而他仅仅想得到魔法石，还想联手哈利，去成就大事。哈利坚决反对伏地魔的要求，拒绝伏地魔的诱惑。伏地魔不耐烦了，让寄主奇洛去抢魔法石，哈利被掐着脖子摁在台阶上，想要够边上的魔法石，尝试着却够不到。哈利转头用手阻止奇洛的手，伴随着奇洛的尖叫，只见奇洛的手慢慢被腐蚀，远离了哈利。伏地魔让他直接去拿魔法石，哈利走向前将双手覆盖到奇洛的脸上，奇洛感到痛苦瞬间后退，迅速被腐蚀掉，完全消失了。
而伏地魔的魂魄穿过哈利逃了出去，哈利昏倒在地。之后，哈利在医务室醒来，床前都是一些崇拜哈利的人送给哈利的礼物。邓布利多来了，告诉哈利地下室的一切全校都知道了，由此哈利多了一些崇拜者。并且罗恩、赫敏都很好，魔法石也已经被毁掉了。邓布利多向哈利解释了魔法石只有想得到它、却不利用它的人才能得到，这是邓布利多的计策。还有，哈利的手能腐蚀奇洛，那是因为哈利的母亲为哈利牺牲了自己，留给哈利一种印记，不是伤疤，那是爱的力量。
在本学年的表彰宴会上，本是第四名的格兰芬多学院，由于最近发生的几件事，邓布利多要格外为格兰芬多加分。对赫敏说，“当大家身处险境时，你冷静思考，奖励50分”；对罗恩说，“因为你赢下了霍格沃兹许多年来最精彩的一盘棋，奖励50分”，对哈利说，“为你无畏的胆量和过人的勇气，我要奖励给格兰芬多学院60分”，这已经和暂居第一的斯莱特林学院打平了。还有，对纳威说，“对付敌人我们需要很大的勇气，但在朋友面前坚定立场，需要更大的勇气，我要奖励10分”，由此算下来，格兰芬多拿下了本学年的学院杯。除了斯莱特林，其他三个学院都欢呼起来……哈利与海格告别后，乘坐霍格沃兹专列回“家”。到此，《哈利波特与魔法石》的故事就结束了。
本集故事就讲到这里了，但哈利波特的故事还未结束，
